Colegio Nuestra Señora De La Merced fue fundado con fecha 24 de Septiembre del año 1995 de manos de la señorita Yolanda Marambio Henríquez, quien gestionó la creación de un Colegio orientado sólo a niñas, de carácter particular subvencionado, con la idea de que el costo para los apoderados fuera el mínimo posible, y así abarcar el estrato socioeconómico con mayores necesidades en la comuna. Para lo cual dispuso de sus instalaciones ubicadas en Valdés 690, Melipilla, con el propósito de impartir en primera instancia sólo Educación General Básica. Debe su nombre a la celebración de la fiesta de la virgen María con la advocación de la Merced.
Su primera Directora fue la Madre María Elena Ceballos, de la Congregación de Religiosas Mercedarias Misioneras del Perú. En este período se obtuvo el reconocimiento oficial del Ministerio de Educación, mediante Resolución Exenta N.º 533 de 1995.
En el año 2003 la Congregación religiosa peruana abandona el país, volviendo el colegio a manos de su fundadora, quién nombró en el cargo de Directora a la Señorita Julia Santín Cabezas, profesora hasta esa época del Colegio Marambio. Durante este período se gestiona la creación de la Enseñanza Media en el Establecimiento, para cubrir en su forma más amplia todos los niveles educacionales.
En el año 2006, tras el fallecimiento de su fundadora, el colegio queda en manos de la Fundación Educacional Marambio Henríquez. Mismo año en que se gradúa el primer cuarto medio y se completa el ciclo de 12 años de estudio, 45 estudiantes, finalizan su enseñanza media en nuestro Colegio.
El año 2007 se crea el primer y segundo nivel de transición, ampliando con ello la cobertura en los niveles académicos de párvulos.
Colegio Nuestra Señora De La Merced se adscribe a la gratuidad desde el 2016, lo cual responde al compromiso social del establecimiento. Ese mismo año el colegio siente la lamentable pérdida de su Directora Julia Santín Cabezas, asumiendo el cargo con fecha 30 de Diciembre la Sra. Mariela Reyes Ortega, la cual permanece como Directora hasta la fecha.
En la actualidad Colegio Nuestra Señora De La Merced, cuenta con 14 cursos, en los niveles de Educación Parvularia, Básica y Media, en la modalidad Científico Humanista, adscrito a la gratuidad, bajo un Curriculum de alta exigencia Académica, docentes calificados y comprometidos, que buscan brindar las mejores oportunidades de aprendizaje para las estudiantes, innovando, diversificando estrategias, promoviendo el trabajo colaborativo, bajo un ambiente de sana convivencia, en colaboración directa con las familias.